「美ら」は「ちゅら」と読み、沖縄の方言で「綺麗」「美しい」という意味になります。沖縄の水族館に相応しい、この名前は平成14年11月1日に海洋博公園内に新水族館がオープンする際、全国各地から愛称を募集して決定しました。愛称選定委員会は「沖縄美ら海水族館」を選んだ理由として「県外の水族館と区別でき、沖縄という地域性が感じられる」「親しみやすく多くの人に覚えてもらえる」等を挙げています。
沖縄周辺の海は(1)巨大な暖流「黒潮」(2)珊瑚礁(3)南西諸島の東西に位置する深海の３つの要素により生き物の生息環境を形作っており、そこには多種多様な世界有数の生物種が生息する神秘的な海の世界が広がっています。そんな沖縄周辺の海の水面から水深1,000m付近までを再現し、光・水質・透明度など出来るだけ自然の海に近い状態に保っています。海岸から沖合い、黒潮、さらに深海へと旅する形で疑似体験し、沖縄の海の素晴らしさ大切さを体験、体感できる展示をしています。